En 1553, Villanueva de Córdoba adquirió el título de villa de manos de Carlos I de España, a través del cual adoptó su escudo, el blasón del citado rey. Este documento fue de gran trascendencia para la localidad, ya que supuso su independencia de la vecina localidad de Pedroche, a la cual pertenecía.

Su independencia se verá truncada en el último tercio siglo XVII y primera mitad siglo XVIII cuando pasará a formar parte, junto a otras villas de la comarca pedrocheña, del señorío de los marqueses del Carpio, que desaparecerá en 1747, año en que volverá a pertenecer a la corona y podrá regirse por sí misma.

Desde entonces se ha desarrollado como una de las localidades más destacadas de Los Pedroches, jugando un papel fundamental tanto en la evolución económica de la comarca como en otras facetas. Podemos señalar, por ejemplo, su permanencia como último enclave republicano en la comarca, sirviendo de lugar de acogida a exiliados de toda la comarca.

Durante todo este período y como tónica general a lo largo de su historia, la economía ha estado tradicionalmente vinculada a la ganadería y la agricultura, aunque no debe pasarse por alto la etapa minera que protagonizó la comarca de Los Pedroches, cuando se empleaba y daba uso como tal a esta antigua estación de ferrocarril donde se enclava el museo, vinculada con la Sociedad Minero-Metalúrgica de Peñarroya y que dejará de funcionar el 1 de agosto de 1970.